有机肥发酵设备的生产一般要经过堆肥发酵过程。堆肥是在特定条件下，有机物被微生物不断降解和稳定并生产出适合土地利用的产品的过程。

        堆肥作为一种古老而简便的处理有机废物和制肥的方法，随着研究的不断深入和方法的不断改进，因其具有良好的生态学意义和农业生产效益而受到各国的重视。已有许多研究表明堆肥分解制备苗床可以抑制土壤病害。

        有机肥发酵设备堆肥过程高温阶段后，拮抗细菌数量可达到较高水平，堆肥过程中有机物在微生物的作用下不易分解、稳定，不易被作物吸收，同时，微生物也可降低重金属的毒性。可见，堆肥是生产生物有机肥的一种简单的方法，有利于农业的发展。

        有机肥发酵设备的大部分有机肥产品只能堆肥发酵15-20天，只能达到无害化标准。比较好的有机肥堆肥发酵过程一般需要45-60天。

        这是因为，在堆肥的早期加热阶段和高温阶段，植物病原菌、卵、杂草种子等微生物会被除去，而微生物在此过程中的主要作用是代谢、繁殖，并且只产生少量的代谢产物，这些代谢物不稳定，并不稳定。容易被植物吸收，在冷期，微生物使有机物腐殖，产生大量利于植物生长和吸收的代谢物，耗时45-60天。

        有机肥发酵设备通过这个过程，堆肥可以达到三个目的：无害；腐殖化；以及大量的微生物代谢产物，如蛋白质等。