有机肥发酵设备的堆肥过程中有机物的转化，堆肥中有机物在微生物作用下的复杂转化可概括为两个过程：

　　（1）有机物矿化，便将复杂的有机物分解成简单的物质，生成二氧化碳、水和矿物营养物；

　　（2）另一种是有机物的腐殖化过程，即有机物被分解合成，产生更复杂的有机物腐殖质。

　　这两个过程是同时进行的，但在相反的方向，在不同的条件下，每个过程的强度不同。

　　有机肥发酵设备的有机质矿化

　　（1）无氮有机物多糖化合物（淀粉、纤维素、半纤维素）经微生物分泌的水解酶水解成单糖。葡萄糖在通风良好的条件下分解较快，乙醇、乙酸、草酸等中间产物不易积累，形成二氧化碳和过氧化氢，同时释放大量热能。如果通风不好，在厌氧微生物的作用下，单糖分解缓慢，产生的热量较少，并积累一些中间产物-有机酸。在厌氧微生物的条件下，还可以产生CH4和H2等还原物质。

　　（2）堆肥中含氮有机物的分解包括蛋白质、氨基酸、生物碱、腐殖质等。除腐殖质外，大多数腐殖质在微生物分泌的蛋白酶的作用下很容易分解，如蛋白质。